本社は仁徳天皇の御代下野国国家鎮護とし本地に金瓊を埋め塚を築き祠を乙祠のが始めで坂上田村麿東夷征討の時、この地に応神天皇勧請（金丸八幡宮と号し奉った。）その後那須氏の氏神となり那須与一宗隆が扇の的を射る時、当社八幡大神、温泉大社を中心に念じ名声天下に博したので土佐杉で社殿を再建した。
その後、黒羽城主大関氏の代々の氏神となった。
明治六年に那須神社と改称した。